Παρόλο που η ακριβής αιτιολογία δεν είναι γνωστή, η ΣΚΠ είναι μια νόσος του κεντρικού νευρικού συστήματος – του εγκεφάλου και του νωτιαίου μυελού. Όπως συμβαίνει και με άλλες αυτοάνοσες παθήσεις, στην ΣΚΠ ο οργανισμός επιτίθεται στον εαυτό του αναγνωρίζοντας λανθασμένα τα φυσιολογικά κύτταρα ως “εισβολείς”. Τα T κύτταρα, βασικά στοιχεία του ανοσοποιητικού συστήματος, επιτίθενται σε φυσιολογικά κύτταρα. Ειδικότερα, στην ΣΚΠ το ανοσοποιητικό σύστημα του οργανισμού επιτίθεται στη μυελίνη του κεντρικού νευρικού συστήματος.