Για το θέμα αυτό υπάρχουν αντικρουόμενες απόψεις. Υπάρχουν κάποιες μελέτες που έχουν δείξει στο παρελθόν ότι μεγάλη δόση καφεΐνης συσχετίζονταν με απώλεια οστικής μάζας σε γυναίκες, που βρίσκονται σε εμμηνόπαυση. Ακόμα ορισμένες μελέτες δείχνουν αύξηση στην αποβολή ασβεστίου με τα ούρα όταν γίνεται κατάχρηση καφεΐνης.