Οι μύκητες είναι μικροοργανισμοί που εμφανίζουν τεράστια ποικιλία και διάδοση. Οι περισσότεροι ανευρίσκονται στο έδαφος και τα φυτά. Υπάρχουν χρήσιμοι για τον άνθρωπο μύκητες όπως οι ζυμομύκητες και παθογόνοι για τον άνθρωπο μύκητες (π.χ. δηλητηριώδη μανιτάρια). Ορισμένοι μύκητες είναι δυνητικώς παθογόνοι. Πρόκειται για μύκητες που υπό φυσιολογικές συνθήκες δεν είναι παθογόνοι αλλά γίνονται παθογόνοι, όταν οι συνθήκες το επιτρέψουν. Η καταστολή του ανοσοποιητικού συστήματος και η κατάχρηση αντιβιοτικών είναι οι πιο κοινοί παράγοντες που οδηγούν σε σοβαρές μυκητιασικές φλεγμονές.
