Το στομάχι διαθέτει φυσιολογικούς μηχανισμούς που του επιτρέπουν να σκοτώνει τα μικρόβια. Το όξινο περιβάλλον του στομάχου είναι βασικό στοιχείο της τοπικής άμυνας. Ορισμένα μικρόβια διαθέτουν μηχανισμό αντίστασης στα οξέα του στομάχου ή προσβάλλουν το στομάχι λόγω συμπαρομαρτούντων νοσημάτων που προκαλούν πτώση της οξύτητας του στομάχου ή διαταραχή συνολικά του ανοσοποιητικού συστήματος.
Το αποτέλεσμα είναι η ανάπτυξη φλεγμονής από μικρόβια και λοιμώδη αίτια.
Το πιο σύνηθες από τα μικρόβια που προκαλούν λοιμώδη γαστρίτιδα είναι το ελικοβακτηρίδιο ( helicobacter pylori).
Το ελικοβακτηρίδιο είναι ένα gram αρνητικό βακτηρίδιο, το οποίο ζει μέσα στην βλέννα του στομάχου. Είναι παράγοντας κινδύνου για την ανάπτυξη έλκους, γαστρικού καρκινώματος και λεμφώματος σε ευαίσθητα άτομα. Ανάλογα με την ανοσολογική ικανότητα του οργανισμού, ενδέχεται να προκαλέσει οξεία γαστρίτιδα ή να μεταπέσει σε χρονιότητα. Στην χρόνια φάση ποικίλου βαθμού ατροφία αναπτύσσεται. Η ανάπτυξη εντερικής μεταπλασίας υποδηλώνει τη μετατροπή του γαστρικού βλεννογόνου σε φαινότυπο λεπτού εντέρου, κατάσταση που αποτελεί προγνωστικό δείκτη για ανάπτυξη καρκίνου του στομάχου.
Σπανιότερα, ιδιαίτερα σε ηλικιωμένους και ασθενείς με καταστολή του ανοσοποιητικού, μικρόβια όπως στρεπτόκοκκοι, σταφυλόκοκκοι, κολοβακτηρίδιο, πρωτέας, αιμόφιλος και ιοί προκαλούν γαστρική φλεγμονή.
Προσβολή του στομάχου από μικρόβια μπορεί να προέλθει και από ιατρικούς χειρισμούς (π.χ. αφαίρεση πολυπόδων στομάχου με κακώς αποστειρωμένα εργαλεία).
Ορισμένα λοιμώδη αίτια προκαλούν στο στομάχι την ανάπτυξη κοκκιωμάτων (π.χ. φυματίωση, σύφιλη, κάντιντα).
Σήμερα υπάρχει αποτελεσματική θεραπεία.