Η εξασφάλιση φυσιολογικής ενεργειακής εφεδρείας είναι μία σύνθετη ανθρώπινη λειτουργία που προϋποθέτει την ομαλή συνεργασία μιας ποικιλίας οργανικών συστημάτων. Ορμόνες της κυκλοφορίας, νευρωνικές συνδέσεις των ιστών με τον εγκέφαλο συνεργάζονται αρμονικά για να ρυθμιστεί η ομαλή λειτουργία των εργοστασίων παραγωγής ενέργειας των κυττάρων, των μιτοχονδρίων. Η τροφοδοσία των μιτοχονδρίων με επαρκές οξυγόνο και θρεπτικά συστατικά για να γίνουν οι καύσεις και να παραχθεί τριφωσφορική αδενοσίνη ATP είναι ζωτική για την λειτουργία τους.
Η επάρκεια του ύπνου και η ομαλή λειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος και των απεκκριτικών οργάνων είναι σημαντικά για την εξουδετέρωση των τοξινών και παραπροϊόντων της καύσης που παράγουν τα μιτοχόνδρια κατά την λειτουργία τους. Ως καταληκτικό σημείο του κύκλου της ροής ενέργειας στον άνθρωπο, το μυϊκό σύστημα και τα νευρικά κύτταρα πρέπει να ανταποκρίνονται με επάρκεια στις εντολές του εγκεφάλου για κίνηση ή διανοητική συγκέντρωση.
Τα σύνδρομα κόπωσης χαρακτηρίζονται από πτώση των επιπέδων ενέργειας του σώματος, η οποία ενίοτε είναι τόσο σοβαρή που καθιστά αδύνατη την τέλεση συνήθων πνευματικών ή σωματικών καθηκόντων. Πολλοί ασθενείς με σύνδρομα κόπωσης έχουν μια οξεία λοιμώδη εκδήλωση με γριπώδη συμπτώματα ή συμπτώματα από το αναπνευστικό σύστημα ή λοιμώδη γαστρεντερικά συμπτώματα που προηγούνται της έναρξης του συνδρόμου χρόνιας κόπωσης ή είναι χρόνιοι φορείς ιών και μικροβίων.
Ένα ευρύ φάσμα λοιμογόνων παραγόντων έχει περιγραφεί, όπως:
· Η ηπατίτιδα
· Η λοιμώδης μονοπυρήνωση
· Η λοίμωξη από Giardia lamblia
· Η φυματίωση
· Η προσβολή από έρπητα
· Η προσβολή από χλαμύδια
· Η προσβολή από κυτταρομεγαλοϊό
· Η προσβολή από παρβοϊό
· Η λοίμωξη από Coxiella burnetti
· Η λοίμωξη από borrelia
· H λοίμωξη από HIV
Οι ιοί και τα μικρόβια χρησιμοποιούν τις ενεργειακές πηγές του σώματος για δική τους χρήση και το φαινόμενο ευθύνεται τόσο για τα παροδικά σύνδρομα κόπωσης που εμφανίζονται ακόμα και μετά από απλές ιώσεις, όσο και για τα πιο μόνιμα σύνδρομα κόπωσης που χαρακτηρίζουν τη μόνιμη συνύπαρξη των λοιμογόνων αιτίων με τον άνθρωπο (π.χ. χρόνια φορεία aids, χρόνια ηπατίτιδα). Ωστόσο στην πυροδότηση των συνδρόμων κόπωσης από λοιμώξεις δεν έχουν ενοχοποιηθεί μόνο οι ιοί και τα μικρόβια αυτά καθαυτά αλλά και ορισμένες ανώμαλες αντιδράσεις του ανοσοποιητικού συστήματος που εμφανίζονται ως απάντηση στην επίθεση των λοιμογόνων παραγόντων. Έτσι ορισμένοι πάσχοντες από σύνδρομα κόπωσης εμφανίζουν δυσλειτουργίες ανοσοποιητικού συστήματος όπως υψηλά επίπεδα αυτοαντισωμάτων, διαταραγμένη ενεργοποίηση Τ λεμφοκυττάρων που αποτελούν τμήμα των λευκών αιμοσφαιρίων υπεύθυνων για τη σωστή άμυνα, διαταραχές σε φλεγμονώδεις κυτοκίνες. Οι διαταραχές επιμένουν μετά την αποδρομή της λοίμωξης ακόμη και σε άτομα που δεν μεταπίπτουν σε κατάσταση χρόνιας φορείας.
Ορισμένοι ερευνητές θεωρούν ότι ακόμη και στις περιπτώσεις ιδιοπαθών συνδρόμων κόπωσης που δεν απομονώνονται συγκεκριμένα λοιμογόνα αίτια ή συγκεκριμένες διαταραχές του ανοσοποιητικού συστήματος που εκλύονται μετά από λοιμώξεις, υπάρχει υψηλή πιθανότητα, τα σύνδρομα αυτά οφείλονται σε άγνωστο ιό. Σε προσπάθειες ταυτοποίησης του ιού αυτού, το 2009, ερευνητές ανέφεραν ότι ένας ρετροϊός ο XMRV – ήταν παρών σε ένα μεγάλο ποσοστό ασθενών με σύνδρομο χρόνιας κόπωσης. Ωστόσο, το εύρημα δεν επιβεβαιώθηκε με άλλες μελέτες ενώ εντοπίστηκαν μεθοδολογικά σφάλματα στην αρχική αυτή έρευνα. Έκτοτε έγιναν πολλές αποτυχημένες προσπάθειες ταυτοποίησης από πολλές ερευνητικές ομάδες.