Στην Ελλάδα η εναλλακτική βοτανική Ιατρική συχνά συγχέεται με την ομοιοπαθητική ενώ θεωρείται ότι μιμείται βοτανοθεραπευτικά πρακτικά παραδοσιακά συστήματα.
1. Βοτανική Ιατρική και Ομοιοπαθητική
Η βοτανική ιατρική ευρίσκεται σε πλήρη διάσταση με την ομοιοπαθητική διότι η ομοιοπαθητική χρησιμοποιεί σε αντίθεση με την βοτανική ιατρική ελάχιστες δυνατές και όχι μέγιστες δυνατές δόσεις βοτάνων και φυσικών φαρμάκων. Η ομοιοπαθητική χρησιμοποιεί βότανα και φυσικά φάρμακα σε συγκεντρώσεις εξαιρετικά χαμηλότερες των συγκεντρώσεων που χρησιμοποιούνται σε συμβατική διατροφική χρήση. Με την πρακτική αυτή ωστόσο μπορεί να ελαχιστοποιείται η πιθανότητα εμφάνισης παρενεργειών, αλλά το θεραπευτικό αποτέλεσμα έχει κριθεί ανεπαρκές σε πολλές ιατρικές επιστημονικές έρευνες που έχουν γίνει κυρίως μετά το 2000.
2. Βοτανική Ιατρική και λοιπά μη ομοιοπαθητικά βοτανικά συστήματα θεραπείας
Η εναλλακτική ιατρική έχει ομοιότητες με τα άλλα μη ομοιοπαθητικά βοτανοθεραπευτικά συστήματα αλλά δεν ταυτίζεται μαζί τους.
Οι τρεις κυριότερες διαφορές της εναλλακτικής βοτανικής Ιατρικής από τα άλλα μη ομοιοπαθητικά εναλλακτικά βοτανοθεραπευτικά συστήματα είναι οι εξής:
1. Η Εναλλακτική Ιατρική χρησιμοποιεί τις αυστηρές επιστημονικές μεθόδους και τα συστήματα που χρησιμοποιεί και η Συμβατική Ιατρική, πριν προβεί στην άσκηση οποιασδήποτε θεραπευτικής μεθόδου. Αυτό διαφοροποιεί τους γιατρούς που χρησιμοποιούν την Εναλλακτική Ιατρική από άλλους «φυσικούς πρακτικούς θεραπευτές». Τα ειδικά διατροφικά προγράμματα και φάρμακα εναλλακτικής ιατρικής, όταν συνταγογραφούνται στο ιατρείο, ακολουθούν τους αυστηρούς επιστημονικούς κανόνες που εφαρμόζονται παγκοσμίως.
2. Κατά την διάρκεια της ιατρικής εξέτασης λαμβάνεται λεπτομερές ιστορικό διατροφικών συνηθειών, έκθεσης σε τοξικές ουσίες, συνηθειών της καθημερινότητας, προγραμματίζεται, όταν απαιτείται ο ανάλογος εργαστηριακός έλεγχος. Αυτό είναι απαραίτητο για τον εντοπισμό των νοσημάτων από τα οποία πάσχει ο προσερχόμενος, τα οποία ενδέχεται μάλιστα να μην έχουν εμφανή για τον προσερχόμενο άνθρωπο συμπτώματα.
3. Στη συνέχεια χορηγούνται με βάση την κατάσταση υγείας του οργανισμού και το είδος των χρόνιων νοσημάτων που εντοπίζονται, εξατομικευμένα διατροφικά προγράμματα, λειτουργικά τρόφιμα και φυτικά φάρμακα, τα οποία μεγιστοποιούν τις αμυντικές εφεδρείες του οργανισμού που εξετάζεται, ώστε να μειώνεται στο ελάχιστο ή να αποφεύγεται κατά το δυνατόν η χρήση χημικών φαρμάκων. Τα φυσικά φάρμακα και βότανα χρησιμοποιούνται σε δοσολογίες σημαντικά μεγαλύτερες των δοσολογιών που χρησιμοποιούνται για διαιτητική-διατροφική χρήση. Όπως και με κάθε σκεύασμα που χορηγείται με την βέλτιστη ιατρική παρακολούθηση, λαμβάνεται μέριμνα ώστε τα φυσικά φάρμακα και βότανα να είναι τιτλοδοτημένα, ελεύθερα από βαρέα μέταλλα και προσμίξεις και συμβατά με την κατάσταση υγείας του εξεταζόμενου για να επιτευχθεί το μέγιστο θεραπευτικό αποτέλεσμα και να αποφευχθούν σοβαρές παρενέργειες.