Ξεπλένουμε τα φιλέτα και τα τοποθετούμε σε ένα ταψί μαζί με τις πατάτες και τα αλατοπιπερώνουμε. Βάζουμε σε ένα τηγάνι το ελαιόλαδο να κάψει, προσθέτουμε τα κρεμμύδια έως ότου μαραθούν και στη συνέχεια προσθέτουμε τις τομάτες, το σκόρδο, το θυμάρι, το λεμόνι, το νερό και τα αφήνουμε να βράσουν για 15 λεπτά περίπου σε μέτρια φωτιά. Τέλος, περιχύνουμε τη σάλτσα στο ταψί με το φιλέτο πέρκας και τις πατάτες, πασπαλίζουμε με τον ψιλοκομμένο μαϊντανό και τα βάζουμε σε προθερμασμένο φούρνο να ψηθούν για 45 λεπτά περίπου στους 200°C.

ΣΗΜΕΙΩΣΗ: Εάν δούμε ότι κατά την διάρκεια του ψησίματος δεν έχουν ζουμί ρίχνουμε 1 ποτηράκι νερό.