Σε αντίθεση με τον ιό της εποχικής γρίπης, ο Η1Ν1 προκαλεί σοβαρές επιπλοκές σε νεαρότερες ηλικίες, σημαντική απώλεια ωρών εργασίας, ενώ η ταχύτητα της μετάδοσής του είναι εξαιρετικά υψηλή. Σύμφωνα με τις μέχρι τώρα κλινικές μελέτες το εμβόλιο έχει εξαιρετική ανοχή και ασφάλεια με λίγες παρενέργειες που περιλαμβάνουν πρήξιμο, πόνο στην θέση της ένεσης, μυϊκά άλγη, κακουχία, ελαφρό γριπώδες σύνδρομο για λίγες ημέρες μετά την ένεση.

Το εμβόλιο δεν προκαλεί θανάτους, εφόσον χρησιμοποιείται σωστά και υπό ιατρική παρακολούθηση (πχ. δεν εφαρμόζεται σε άτομα με θανατηφόρες αλλεργίες στο αυγό). Προκαλείται η ανάπτυξη υψηλού τίτλου αντισωμάτων δύο τρεις εβδομάδες μετά τον εμβολιασμό. Τα δεδομένα αυτά οδήγησαν σε μία επιθετική εθνική πολιτική μαζικών εμβολιασμών σε πολλές χώρες (π.χ. ΗΠΑ, CDC http://www.flu.gov/). Να σημειώσουμε ότι τα συστήματα επαγρύπνησης αυτών των χωρών δεν κατέγραψαν έως τώρα μετά την πρόσφατη ευρεία εφαρμογή του εμβολίου, σημαντικές παρενέργειες.

Η επιστημονική αμφισβήτηση που αφορά το εμβόλιο, επισημαίνει, ότι ακόμη δεν έχουν ολοκληρωθεί μελέτες φάσης 2, με αποτέλεσμα να μην έχει επαρκώς τεκμηριωθεί η πλήρης ασφάλεια του προϊόντος, σε βάθος χρόνου. Η προσέλευση εθελοντών σε πολλές περιπτώσεις υπήρξε μικρή και έγινε με αργό ρυθμό. Ορισμένες από τις μελέτες αναζητούσαν εθελοντές έως τα τέλη Νοεμβρίου 2009, άλλες αναζητούν ακόμη.

Εξάλλου, αναφέρουν, δεν είναι πλήρως τεκμηριωμένη και η αποτελεσματικότητα του εμβολίου στην κλινική πρακτική. Υπάρχουν μετρήσεις για εργαστηριακές αυξήσεις προστατευτικών αντισωμάτων, αλλά αυτές οι αυξήσεις αντιστοιχούν σε αποτελεσματική άμυνα, κατά την επίθεσή του ιού στις πραγματικές συνθήκες της κοινότητας; Δεν είναι η πρώτη φορά που εμβόλια κατά την εφαρμογή τους, διαψεύδουν στην πράξη και σε βάθος χρόνου, αισιόδοξες εκτιμήσεις περί αποτελεσματικότητας και ασφάλειας και αυτές μένουν να αποδειχθούν.

Επιπροσθέτως η κρυψίνοια με την οποία εφαρμόστηκαν σε αρκετές περιπτώσεις, τα προγράμματα εμβολιασμών σε πολλές χώρες, με αποκλειστική δυνατότητα εμβολιασμού σε ελεγχόμενα από τις αρχές εμβολιαστικά κέντρα, τροφοδότησε περαιτέρω τον προβληματισμό. Έγινε λόγος για εσπευσμένη παραγωγή εμβολίων πολλαπλών ταχυτήτων, που οι κυβερνήσεις αποφεύγουν να διαθέσουν με διαφάνεια (π.χ. σε φαρμακεία), για να αποφύγουν ανεξάρτητους ελέγχους από τους σκεπτικιστές. Στα πλαίσια αυτά έγιναν αναφορές για εμβόλιο των αμερικανών, των ευρωπαίων, των πολιτικών, των διπλωματών κ.λπ.

Ανεξάρτητα από τα παραπάνω, είναι σημαντικό να επισημανθούν τα σημεία σύγκλισης των δύο στρατοπέδων.

Επειδή τα προκαταρκτικά δεδομένα των κλινικών ερευνών που έχουν γίνει για τους ενηλίκους είναι αρκετά, ενώ η ταχύτητα μετάδοσης του ιού είναι υψηλή και ανεξάρτητα από παραμέτρους που αφορούν την εμπορία και διάθεση του εμβολίου, υπάρχει επιστημονική ομοφωνία ως προς την εφαρμογή του εμβολίου στις εξής κατηγορίες ατόμων υψηλού κινδύνου για θανατηφόρες επιπλοκές, εφόσον δεν υπάρχουν απαγορευτικές αντενδείξεις (π.χ. θανατηφόρες αλλεργίες, οξέα εμπύρετα):
Στους πάσχοντες από ορισμένα υποκείμενα χρόνια νοσήματα όπως καρδιαγγειακά νοσήματα, πνευμονοπάθεια, διαβήτη, χρόνια νεφρική ανεπάρκεια, ηπατική ανεπάρκεια, καρκίνο, AIDS, εξασθενημένο αμυντικό σύστημα και είναι άνω των δέκα ετών. Στις χώρες που ευρίσκονται σε χειμερινή περίοδο, η ομάδα περιλαμβάνει και παιδιά άνω των έξι μηνών με σοβαρά χρόνια νοσήματα υψηλού κινδύνου( παρά την έλλειψη επαρκών προκαταρκτικών δεδομένων σε αυτά)
Στους υγιείς παχυσάρκους
Στα υγιή άτομα που καπνίζουν επί χρονικό διάστημα άνω των δεκαπέντε ετών ή είναι βαρείς καπνιστές άνω των δύο πακέτων ημερησίως
Στις έγκυες, για τις ίδιες και για την προστασία του νεογνού μετά την γέννηση λόγω μεταφοράς προστατευτικών αντισωμάτων. Ιδιαίτερα στις έγκυες αλλά και στα παιδιά, πρέπει να καταβάλλεται κάθε δυνατή προσπάθεια για να χορηγείται όσο γίνεται καθαρό εμβόλιο, ελεύθερο από προσμίξεις και thiomersal
Στα άτομα που φροντίζουν μωρά έως έξι μηνών
Στους πτηνοτρόφους και επαγγελματίες κτηνιατρικών υπηρεσιών, για να αποφευχθεί θανατηφόρος ανασυνδυασμός του ιού με τον ιό της γρίπης των πτηνών
Στους υγιείς ιατρούς και το νοσηλευτικό προσωπικό, το εμβόλιο πρέπει να εφαρμοστεί καθολικά, εκτός των άλλων και λόγω του κομβικού ρόλου που έχουν στην θεραπεία των ασθενών.